2019年2月1日，农业农村部办公厅对10起农业转基因生物安全管理违规行为处理情况进行通报，这其中包括中科院两家研究所违规开展转基因棉花中间试验问题。
据农业农村部官网信息，2018年各级农业农村部门严格依法开展农业转基因生物安全管理，持续强化研发试验、南繁基地、进口加工、种子生产、产品标识等环节的监管工作。
结果表明，绝大多数单位都能高度重视农业转基因生物安全管理，严格按照法规规程开展相关活动。同时，监管中发现少数研发试验单位、南繁试验单位存在违规开展试验的问题，少数加工企业存在安全控制措施落实不到位的问题，少数种子企业存在违规制种的问题。
据通报，辽宁东润种业有限公司、吉林省金庆种业科技有限公司与黑龙江省哈尔滨市众鑫玉米种植专业合作社等存在非法生产加工或经营转基因玉米种子的违法行为。
其中，吉林省农业农村行政主管部门已于2018年9月依法对吉林省金庆种业科技有限公司作出行政处罚决定，没收涉案种子103.5袋和违法所得4.53万元，并处罚款20万元；黑龙江省农业农村行政主管部门已于2018年4月依法对黑龙江省哈尔滨市众鑫玉米种植专业合作社作出行政处罚决定，没收涉案种子748公斤，并处罚款30.875万元。
此外，中国农业科学院生物技术研究所与中国科学院微生物研究所擅自提前开展实验；浙江大学在试验基地开展转基因玉米中间试验，尽管试验已向农业转基因生物安全管理办公室报告，但检查中发现存在控制措施不到位等问题。
此前在2019年1月23日，农业农村部办公厅印发《2019年农业转基因生物监管工作方案的通知》，严格按照《种子法》《农业转基因生物安全管理条例》等法规规章要求，始终保持高压态势、织密监管网络，严厉打击农业转基因生物非法试验、制种、经营、种植、加工、进口和标识等行为，切实保障我国农业转基因生物技术研究与应用健康发展。
农业农村部副部长张桃林于2018年12月曾在国新办新闻发布会上公开表示：“中国对转基因发展方针也是一贯的、明确的，就是研究上要大胆，坚持自主创新；推广上要审慎，做到确保安全；管理上要严格，坚持依法监管。”
农业农村部通报的10起违规行为分别是：
一、关于三北种业有限公司违规开展转基因玉米中间试验问题
河北省农业农村行政主管部门检查发现，三北种业有限公司在试验基地开展转基因玉米中间试验，尽管试验已向农业转基因生物安全管理办公室报告，但检查中发现存在管理不规范、控制措施不到位等问题。河北省农业农村行政主管部门已依法销毁转基因玉米材料并责令三北种业有限公司整改。
二、关于中国农业科学院生物技术研究所违规开展转基因棉花中间试验问题
河北省农业农村行政主管部门检查发现，中国农业科学院生物技术研究所在试验基地开展转基因棉花中间试验，尽管试验已向农业转基因生物安全管理办公室报告，但检查中发现擅自提前开展了试验。河北省农业农村行政主管部门已依法销毁转基因棉花材料并责令中国农业科学院生物技术研究所整改。
三、关于中国科学院微生物研究所违规开展转基因棉花中间试验问题
河北省农业农村行政主管部门检查发现，中国科学院微生物研究所在试验基地开展转基因棉花中间试验，尽管试验已向农业转基因生物安全管理办公室报告，但检查中发现擅自提前开展了试验。河北省农业农村行政主管部门已依法销毁转基因棉花材料并责令中国科学院微生物研究所整改。
四、关于浙江大学违规开展转基因玉米中间试验问题
吉林省农业农村行政主管部门检查发现，浙江大学在试验基地开展转基因玉米中间试验，尽管试验已向农业转基因生物安全管理办公室报告，但检查中发现存在控制措施不到位等问题。吉林省农业农村行政主管部门已依法终止试验并责令浙江大学整改。
五、关于道道全粮油岳阳有限公司违规开展转基因大豆加工案
农业转基因生物安全管理办公室检查发现，道道全粮油岳阳有限公司在从码头转运到加工场所运输路途中存在严重的活性转基因大豆遗洒问题，未严格按照法规要求落实安全控制措施。湖南省农业农村行政主管部门已依法责令道道全粮油岳阳有限公司进行整改，整改期间不得从事活性农业转基因生物的运输活动，并作出行政处罚决定，罚款10万元。
六、关于辽宁东润种业有限公司违法生产加工转基因玉米种子案
辽宁省农业农村行政主管部门根据举报线索调查发现，辽宁东润种业有限公司存在非法生产加工转基因玉米种子的违法行为。辽宁省农业农村行政主管部门已于2018年1月依法作出行政处罚决定，没收涉案种子共计7.2万公斤，并处罚款10万元。
七、关于吉林省金庆种业科技有限公司违法生产经营转基因玉米种子案
吉林省农业农村行政主管部门在市场检查中根据举报线索调查发现，吉林省金庆种业科技有限公司存在未经批准生产、经营转基因玉米种子的违法行为。吉林省农业农村行政主管部门已于2018年9月依法作出行政处罚决定，没收涉案种子103.5袋和违法所得4.53万元，并处罚款20万元。
八、关于黑龙江省哈尔滨市众鑫玉米种植专业合作社非法经营转基因玉米种子案
黑龙江省农业农村行政主管部门根据举报线索调查发现，哈尔滨市众鑫玉米种植专业合作社存在经营非法转基因玉米种子的违法行为。黑龙江省农业农村行政主管部门已于2018年4月依法作出行政处罚决定，没收涉案种子748公斤，并处罚款30.875万元。
九、关于刘振国在陕西省靖边县进行转基因玉米非法制种案
陕西省靖边县农业农村行政主管部门根据移送案件线索调查发现，刘振国在靖边县进行非法转基因玉米种子繁育，种植面积2100余亩。经靖边县人民法院初审、榆林市中级人民法院二审，于2018年11月以非法经营罪判处当事人有期徒刑一年二个月，并处罚金7万元。
十、关于贾廷松、王文东在新疆维吾尔自治区察布查尔县进行转基因玉米非法制种案
新疆维吾尔自治区察布查尔县农业农村行政主管部门调查发现，贾廷松、王文东在察布查尔县违法进行转基因玉米种子繁育，涉及转基因玉米种子1.555万公斤、转基因玉米种子亲本1.3万公斤。经察布查尔县人民法院审理，于2018年11月以非法经营罪分别判处两名当事人有期徒刑三年、罚金125万元和有期徒刑二年、罚金50万元。
